Devido a sua extensão geográfica e a irregularidade na distribuição de sua população, o Município de Apuí tem um sistema de saúde bastante complicado. Ao contrário do que ocorre na maioria dos municípios do Amazonas onde a população se aglomera em comunidades, Apuí tem a sua população muito dispersa ao longo das estradas vicinais o que dificulta o atendimento nos postos de saúde. Devido a esse problema, a atuação dos agentes de saúde é fundamental para o bem estar de nossa população.
       
          Além dos postos de saúde espalhados pelas comunidades, Apuí conta também com três postos de saúde na área urbana da cidade onde em média 4 médicos atende diariamente a população. Contamos também com outros diversos profissionais especializados que atuam em diversas áreas da saúde tais como enfermagem, odontologia, fisioterapia, psicologia, etc.
       
        Contamos também com um moderno hospital da rede pública estadual que inaugurado em 2004 tem contribuído não apenas com a população de Apuí, mas também com outros municípios como Novo Aripuanã, Maués e até de outros estados como é o caso do Pará e Rondônia de onde vieram boa parte da nossa população e que por isso cultivamos estreitos laços de relacionamento.